Creating a Virtual Environment in Windows (french version)

 

Step-by-step tutorial to install python and utilities on Windows. Here is the french version...

1. Installation de l’environnement crazybio

Note: Cette page est inspirée de la documentation officielle de Python sur les environnements virtuels https://docs.python.org/3/tutorial/venv.html

1.1. Création de l’environnement

Dans l’invite de commandes, il faut créer un environnement virtuel Python dédié à crazybiocomputing. Pour cela, la commande doit suivre la syntaxe suivante :

python -m venv c:\path\to\myenv

• python -m venv permet de créer l’environnement
• c:\path\to\myenv est le chemin où on souhaite créer cet environnement.

Il faut définir le chemin où sera créé l’environnement. Par exemple, dans ce tutoriel, l'utilisateur s’appelle jeeso^[2] comme le montre le prompt des Figs 6 ou 7:

C:\Users\jeeso

Donc, la ligne pour créer l’environnement sera pour l’utilisateur jeeso:

> python -m venv c:\Users\jeeso\venv\crazybio

Note: Pensez à remplacer jeeso dans la ligne de commande par votre nom d’utilisateur.

La création de l’environnement peut prendre un peu de temps. Une fois terminé, vous verrez un nouveau dossier intitulé venv dans votre Dossier Personnel.

1.2. Activation de l’environnement

Dans l’invite de commandes, pour activer l’environnement, la commande suit la syntaxe suivante:

<venv>\Scripts\activate.bat

où <venv> est le chemin de l’environnement.

Pour l’environnement virtuel crazybio et l’utilisateur jeeso, il faudra donc taper:

> C:\Users\jeeso\venv\crazybio\Scripts\activate.bat

Note: Pensez à remplacer jeeso dans la ligne de commande par votre nom d’utilisateur.

Vous devriez voir le prompt changer avec la mention  

(crazybio) C:\Users\.... 

Votre environnement est bien activé!!.

1.3. Création d'un raccourci 

Il peut-être fastidieux de taper la longue ligne de commande pour activer l'environnement virtuel. Le plus simple est de créer un raccourci (alias).

Pour cela, on utilise la commande doskey

1.4. Installation des librairies

Dans l’invite de commandes:

• Activer l’environnement crazybio si vous ne l’avez pas déjà fait
• Installez le.s package.s avec l’utilitaire pip
• La commande est la suivante:

(crazybio) > pip install <package_name>

Pour installer jupyter lab, la commande est donc:

(crazybio) > pip install jupyterlab

Attendre quelques instants que l’installation se termine.

1.5. Environnement crazybio et Jupyter notebooks

Pour les TPs, on utilise Python dans des Jupyter notebooks qui permettent de mélanger du texte (commentaires, questions, etc.) avec des scripts Python.

On doit donc indiquer aux notebooks qu’on veut utiliser l’environnement crazybio avec toutes ses librairies.

Note: Pensez à activer l’environnement crazybio avant de taper la ligne de commande.

Pour cela, on tape la commande:

(crazybio) > ipython kernel install --user --name=crazybio

1.2.5. Vérification de toute l’installation

Note: Pensez à activer l’environnement crazybio avant de taper la ligne de commande.

Dans l’invite de commandes, lancez le jupyter lab en tapant:

(crazybio) > jupyter lab

Dans l’invite de commandes, de nombreux messages système apparaissent puis votre navigateur web automatiquement s’ouvre sur un nouvel onglet (Fig.1)

Fig. 1: Fenêtre d’accueil du jupyter lab. On peut voir l'environnement virtuel par défaut intitulé `Python3` et un autre environnement `renafobis`. A gauche, le panneau de l'arborescence des dossiers.

Note: jupyter lab est la nouvelle version du jupyter notebook mais par habitude, on parle toujours de notebook.

En haut à droite (Fig. 2), vous avez le nom de l’environnement virtuel dans lequel s’exécute ce notebook (ici, renafobis).

Fig.2: En haut à droite du notebook, on peut voir le "kernel" (environnement virtuel) utilisé. Ici, renafobis.

A new series dedicated to Image Processing with the programming language Python. The first step is to install all the Python programming environment to manipulate and explore images.